ย้อนกลับไปประมาณ 30 ปีที่แล้ว เห็ดหลินจือแดงจะต้องหาจากธรรมชาติเท่านั้น การเพาะปลูกเห็ดหลินจือแดงเป็นเรื่องที่ไม่สามารถทำได้ จนกระทั่ง นักวิจัยจากประเทศญี่ปุ่น ได้ค้นพบวิธีการเพาะเชืื้อเห็ดหลินจือแดงได้เป็นผลสำเร็จจากสายเลือดรุ่นที่สามแห่งตระกูลมายูซูมิ ผู้มีประสบการณ์ในการ เพาะปลูกเห็ดชนิดต่างๆ ดร.ฟูมิมารุ มายูซูมิ ได้ริเริ่มการเพาะปลูกเห็ดบนขอนไม้ดิบ จนกระทั่งปัจจุบันยังได้รับการยอมรับว่า เป็นวิธีการปลูกเห็ดหลินจือแดง ที่ได้รับคุณภาพดีที่สุด การปลูกวิธีนี้จะมีขั้นตอนมากมาย และใช้เวลานานประมาณ 1 ปี จึงจะสามารถเก็บเกี่ยวได้
     เริ่มจากการเพาะสปอร์เห็ดหลินจือแดง ที่คัดมาจากต้นแม่พันธุ์ที่สมบูรณ์ นำมาเพาะในห้องทดลองประมาณ 3 เดือน แล้วจึงนำสปอร์ไปฝังในขอนไม้โอ๊ค ญีั่ปุ่นที่ถูกเจาะรูไว้ ขอนไม้เหล่านี้จะมีอายุระหว่าง 26-30 ปี ซึ่งเหมาะแก่การปลูกเห็ด หลังจากนั้นจึงนำขอนไม้ที่ใส่สปอร์แล้วไปไว้ในเรือนเพาะ โดยจะนำ ขอนไม้ไปฝังดิน ซึ่งเป็นดินที่มีความอุดมสมบูรณ์ ใช้ระยะเวลาอีกประมาณ 5 เดือนซึ่งต้นเห็ดหลินจือแดงจะดูดสารอาหารในดิน จนกระทั่งมันเจริญเติบโต เต็มที่จึงจะถูกเก็บเกี่ยว ดินบริเวณนั้นจะสามารถใช้ปลูกเห็ดได้เต็มที่ประมาณ 5 ปี แล้วก็ต้องปล่อยทิ้งไว้ประมาณ 2-3 ปี เพื่อให้คืนสภาพ

     ในระหว่างที่อยู่ในโรงเพาะ ต้นเห็ดหลินจือแดงจะถูกดูแลอย่างใกล้ชิด ทั้งเรื่องของอุณหภูมิ, ความชื้น(ปรมาณ 90-95%), สารอาหาร, ปริมาณ คาร์บอนไดออกไซด์ และแสงสว่างภายใน ซึ่งเป็นเรื่องที่ค่อนข้างละเอียดอ่อน แปลงเพาะปลูกจะถูกพ่นด้วยละอองน้ำที่ได้รับการฆ่าเชื้อแล้ว เพื่อป้องกัน การเกิดโรคติดต่อ ดินก็จะถูกนไปวิเคราะห์อย่างสม่ำเสมอ เพื่อดูค่าสารอาหาร และป้องกันสารเคมีอื่นเจือปน เช่น สารโลหะ สารเคมี หรือสารแปลกปลอม อื่นที่อาจเจือปนอยู่ หลังจากนี้ต้นเห็ดหลินจือแดงจะถูกปล่อยให้เติบโตเต็มที่อีกประมาณ 3 เดือน ซึ่งในที่สุดมันจะเริ่มพ่นสปอร์เป็นผงสีแดงออกมา ในระหว่างนี้ก็จะหยุดการพ่นละอองน้ำ เมื่อต้นเห็ดพ่นสปอร์แล้วก็จะต้องรออีก 2 อาทิตย์ เพื่อเตรียมพร้อมก่อนทำการเก็บเกี่ยว